Любое хирургическое вмешательство может сопровождаться некоторыми осложнениями. Все зависит от опыта врача, сложности проведенной операции и некоторых других факторов, в том числе, и от того, как будет сам пациент соблюдать предписанные ему инструкции после операции. Эффективность приживления имплантата в кости достигает, обычно, более 90%. Однако, в некоторых случаях, по тем или иным причинам, имплантат не приживляется в кости челюсти. Обычно это обнаруживается на втором этапе имплантации, когда приходит время ставить коронку. В таком случае этот имплантат необходимо удалить и установить другой, либо сразу же, либо через некоторое время.

Потенциальными причинами, влияющими на такой исход установки имплантата, могут быть: инфекционные процессы вокруг зубного имплантата, курение (при этом отмечается ухудшение микроциркуляции крови и вследствие этого нарушение процесса заживления кости и десны), недостаток костной ткани вокруг имплантата (в этом случае имплантат может почти свободно двигаться в кости, и его приживление просто не происходит). Кроме того, со временем, также могут проявляться некоторые осложнения. Например, как и в случае с настоящим зубом, при развитии инфекции в десневом кармане вокруг имплантата может возникнуть так называемый периимплантит (воспаление тканей вокруг имплантата). Если не лечить это состояние, постепенно происходит атрофия, «разъедание» кости, в которой держится зубной имплантат. В результате происходит расслабление имплантата в кости и его приходится удалять. Лечение такого состояния практически такое же, как и обычного периодонтита при настоящем зубе.